تعیین خصوصیات ژنتیکی موجودات زنده، اولین قدم برای اصلاح نژاد آ ن ها می باشد. این تحقیق در راستای مطالعه تنوع ژنتیکی جمعیت های زنبورعسل کوچکApis florea) ) در جنوب و جنوب غربی ایران انجام گرفت. به این منظور نمونه-برداری در مهرماه سال 1393 از چهار استان خوزستان (دزفول و آبادان)، بوشهر (بندردیلم و خورموج)، فارس (فیروزآباد و خرم بید) و هرمزگان (حمیران و بندرعباس) انجام شد. جهت بررسی خصوصیات ژنتیکی بخشی از ژن سیتوکروم اکسیداز I و ژن tRNAleu، ناحیه بین ژنی و بخشی از ژن سیتوکروم اکسیداز II مورد استفاده قرار گرفت. درخت فیلوژنی نواحی ژنی به روش های بیزی وحداکثر تشابه(MP) رسم گردید. پس از همردیفی توالی های هشت ناحیه نمونه برداری شده از ایران مشخص گردید که بخشی از ژن سیتوکروم اکسیداز Iو ناحیه بین ژنی (واقع در بین tRNAleu و ژن سیتوکروم اکسیداز II) به ترتیب دو و یک تفاوت تک نوکلئوتیدی (SNP) در جمعیت های مورد مطالعه داشتند. همچنین در این مطالعه، تفاوت نوکلئوتیدی بین توالی های tRNAleu و ژن سیتوکروم اکسیداز II توالی های هشت ناحیه نمونه برداری شده از ایران مشاهده نشد. نتایج نشان داد که نمونه های مورد مطالعه در ایران براساس ژن سیتوکروم اکسیداز I به سه گروه تقسیم شدند که بر اساس آن نمونه های دیلم، فیروز آباد، آبادان و حمیران در گروه اول، نمونه های خورموج و بندرعباس در گروه دوم و نمونه های دزفول و خرم بید در گروه سوم قرار گرفتند. نتایج این مطالعه نشان داد که ژن سیتوکروم اکسیداز I در جمعیت-های زنبور عسل کوچک جنوب غربی و جنوب ایران تنوع ژنتیکی بیشتری داشت.

سیتوکروم اکسیدازc، کمپلکس پروتئینی در غشاء داخلی میتوکندری یوکاریوت ها و غشاء پلاسمایی پروکاریوت های هوازی است که به عنوان آخرین آنزیم در چرخه انتقال الکترون به اکسیژن ایفای نقش می کند. سیتوکرم اکسیدازc در ساختار خود 3 زیر واحد (2، 1 و 3) دارد. در این مطالعه زیر واحد 1 سیتوکروم سی اکسیداز متعلق به پرتقال Citrus sciences بررسی شد. به این منظور پس از طراحی آغازگرهای اختصاصی بر اساس توالی های حاصل از مطالعه قبلی cDNA-AFLP بر روی گریپ-فروت، پرتقال، لیمو ترش، نارنگی و سلطان مرکبات، ژن مورد نظر با روش PCR تکثیر شد و در پلاسمید pGEM-T همسانه شد. انتخاب نوترکیب ها از طریق سیستم گزینش آبی-سفید صورت گرفت. قطعات همسانه شده برای تایید نهایی توالی یابی شدند. بررسی نرم افزارهای بیوانفورماتیکی نشان داد که این ژن پروتئینی با وزن مولکولی34/23059 کیلودالتون را کد کرده و دارای 217 اسیدآمینه بوده و نقطه ایزوالکتریک آن 94/4 می باشد. هدف این مطالعه جداسازی و همسانه سازی ژن سیتوکروم اکسیدازاز ژنوم گیاه پرتقال و تعیین مشخصات آن است.

کرم گلوگاه انار، Ectomyelois ceratoniae، مهم ترین آفت انار در ایران و از مؤثر ترین عامل های تهدیدکننده ی صادرات این محصول محسوب می شود ولی پژوهش های کمی روی تنوع و ساختار ژنتیکی جمعیت های آن در کشور انجام شده است. ازاین روی به منظور افزایش آگاهی از ساختار و تنوع ژنتیکی جمعیت های این آفت، انارهای آلوده ی رقم های مختلف از دوازده استان کشور طی سال های 1395 و 1396 جمع آوری و با استفاده از بخشی از ژن DNA میتوکندریایی، سیتوکروم اکسیداز I ((COI مؤلفه های تنوع ژنتیکی بررسی شد. همچنین شبکه ی هاپلوتیپی و درخت تبارزایی با روش بیشینه ی درست نمایی (Maximum Likelihood) ترسیم شد. در این پژوهش، تعداد شش هاپلوتیپ به دست آمد. هاپلوتیپ یک که در بین تمام جمعیت ها مشترک بود، می تواند به عنوان هاپلوتیپ اجدادی معرفی شود که سایر هاپلوتیپ ها از آن تکامل یافته اند. این هاپلوتیپ با یک جهش به سایر هاپلوتیپ ها متصل و شکل ستاره ای را در شبکه هاپلوتیپی تشکیل داده است. نتیجه های گروه بندی جمعیت های جغرافیایی نشان می دهند ناحیه ی مرکزی کشور، تنوع هاپلوتیپی کمتری نسبت به ناحیه های شمال و جنوب ایران دارد. تنوع ژنتیکی درون جمعیتی بالا (15/99 درصد) در مقابل تنوع کم ژنتیکی بین جمعیت ها (05/0P>، 13/2-درصد) حاصل از آزمون AMOVA و سطح بالای اشتراک هاپلوتیپی در شبکه، نشان می دهد که ساختار ژنتیکی مشخصی بین جمعیت ها وجود ندارد. در آزمون منتل ارتباطی بین فاصله ی ژنتیکی و جغرافیایی و در آزمون منتل جزئی اثر معنی دار رقم بر بروز اختلاف های ژنتیکی به دست نیامد. چنین ساختار ژنتیکی می تواند حاصل سازگاری انار با خرداقلیم های مختلف، کشت رقم های متداول تجاری و برقراری اکوسیستم زراعی یکنواخت و انتقال محصول توسط انسان باشد که منجر به برقراری جریان ژنی زیاد و کاهش اختلاف های ژنتیکی حتی در فاصله های جغرافیایی گسترده می شود.

در این مطالعه تغییرات تنوع هاپلوتیپی لارو جنس Baetis از راسته Ephemeroptera و عوامل موثر بر آن در نواحی بالادست رودخانه گاماسیاب مورد بررسی قرار گرفت. بدین منظور نمونه برداری از درشت بی مهرگان کفزی از چهار ایستگاه به فاصله 500 متر با سه تکرار از طرفین و قسمت میانی رودخانه در چهار فصل توسط نمونه بردار سوربر انجام شد. سپس لاروهای Baetisها شناسایی و جداسازی شده، برای آزمایش های مولکولی آماده سازی شدند. پس از استخراج DNA، تکثیر ژن COI و توالی یابی، تنوع هاپلوتیپی Baetisها برای هر فصل در بین ایستگاه های مختلف  با نرم افزار MEGA 6.06 محاسبه شد. بررسی نمودارهای تنوع Baetis در ایستگاه های مختلف حاکی از کاهش تنوع ژنتیکی در ایستگاه 2 به عنوان آلوده ترین ایستگاه به دلیل وجود پساب کارگاه پرورش ماهی بود. بررسی اثر ایستگاه­ها بر شاخص های توالی نیز بیشترین مقادیر این شاخص ها را در ایستگاه اول نشان داد، اما کاهش آنها در ایستگاه های دیگر قابل ملاحظه و معنی­دار نبود. بنابراین می توان اثرآلودگی پساب را در کاهش تنوع این ماکروبنتوزها نادیده انگاشت.

خانواده شوورت ماهیان (Sillaginids) از راسته سوف ماهی سانان (Perciformes)، نامزد مناسبی برای آبزی پروری در مناطق مصبی و کم عمق به شمار می روند. این خانواده دارای دست کم سه گونه در آبهای خلیج فارس می باشد. بررسی ژنتیکی گونه غالب این خانواده، شوورت ماهی نقره ای Sillago sihama با استفاده از ژن COI مورد ارزیابی قرار گرفت. در این بررسی، تعداد 10 نمونه از گونه مورد نظر از سواحل هر یک از استان های بوشهر و هرمزگان صید، شناسایی ریخت شناختی و بررسی ملکولی گردید. استخراج DNA با استفاده از روش اصلاح شدهCTAB انجام شد. جهت انجام واکنش های زنجیره ای پلیمراز از آغازگرهای جهانیFISH F1 وFISH R1 استفاده گردید. نتایج حاصل از تعیین توالی نشان داد که قطعه تکثیر شده، ٦ 2٧ جفت باز طول دارد. نتایج BLAST نشان دهنده همانندی بالا به گونه شوورت ماهی نقره ای بود، بنابراین داده های ملکولی منبطق بر رده بندی ریخت شناختی این گونه بود. فاصله ژنتیکی کلی بین نمونه های دو ناحیه مذکور بر اساس Kimura 2-parameter، با استفاده از نرم افزار مگا ٠ 2/٠ گردید. ترسیم درخت فیلوژنتیکی به روش پیوند همجواری (NJ) در مقابل برون گونه (Acanthopagrus latus) نشان داد نمونه های دو استان از همدیگر قابل تفکیک نیستند. با توجه به نتایج بدست آمده، نمونه های بررسی شده دارای تبادل ژنی بالا هستند و تمایز بالایی میان دو استان هرمزگان و بوشهر ندارند. بنابراین درباره گونه شوورت ماهی نقره ای نمی توان دو جمعیت مجزا را بر اساس داده های این بررسی در نظر گرفت.

آنالیز ژنتیکی جمعیت های مختلف ماهیان جهت حفظ تنوع زیستی و افزایش اطلاعات در مورد بقای گونه ها و یافتن عوامل تهدید کننده و یا کمک کننده در حفظ جمعیت ها مهم و ضروری می­, باشد. لذا هدف از این مطالعه تعیین روابط فیلوژنتیکی و خویشاوندی گونه گیش دم زرد (Atule mate) (Cuvier, 1833) در مناطق شمالی خلیج فارس و دریای عمان به وسیله توالی­, یابی ژن سیتوکروم اکسیداز I ­, (COI) میتوکندریایی می­, باشد. 90 قطعه ماهی گیش دم زرد، از مناطق صیادی بندر بوشهر، بندر عباس و بندر چابهار، جمع آوری گردید و جهت انجام مطالعات مولکولی، DNA ژنومی به روش استات آمونیم استخراج شده و کمیت و کیفیتDNA بوسیله روش اسپکتروفوتومتری و الکتروفورز ژل اگارز 1 درصد تعیین شد. واکنش زنجیره­, ای پلیمراز (PCR) با استفاده از یک جفت پرایمر ژن سیتوکروم اکسیداز I انجام گردید. پس از الکتروفورز محصول PCR روی ژل آگارز 5/1درصد، قطعه bp650 ناحیه کنترل میتوکندریایی تعیین توالی شد. جهت بررسی روابط فیلوژنی با استفاده از نرم افزار CLUSTAL W، توالی های ژن COI میتوکندریایی هم ردیف و پس از مقایسه آنها با توالی های منتخب بانک ژن، ترسیم درخت فیلوژنی با روشهای متفاوت (Maximum Likelihood، Maximum Parsimony و (Bayesian در مقابل برون گونه (Esox Lucius) انجام شد. نتایج نشان داد که تمامی نمونه­, های بندر عباس و بندر بوشهر و 3 نمونه از بندر چابهار همگی در یک شاخه قرار گرفته و مابقی نمونه های بندر چابهار با دارا بودن فاصله ژنتیکی قدری بیشتر، بر روی شاخه مجزایی قرار داشته و با بوت استراپ بالا رابطه خواهری با هم نشان دادند و این دو شاخه با فاصله تکاملی زیاد از برون گونه قرار گرفتند. می­, توان نتیجه گرفت که توالی­, یابی ژن سیتوکروم اکسیدازI روشی مناسب و قابل اعتماد در بررسی روابط فیلوژنتیکی گونه گیش دم زرد بوده و اطلاعات مفیدی جهت مدیریت و حفاظت این گونه با ارزش فراهم می­, نماید.

این تحقیق به منظور شناسایی جمعیتهای میگوی Penaeus semisulcatus دریای عمان و خلیج فارس صورت گرفت. نمونه برداری به روش تراولینگ از دو منطقه هرمز و بوشهر واقع در دریای عمان و خلیج فارس انجام شد که در نهایت 40 نمونه از گونه P. semisulcatus از منطقه هرمز و 35 نمونه از منطقه بوشهر جمع آوری شد.استخراج DNA با استفاده از روش فنول – کلروفوم انجام گرفت. برای مطالعه تنوع جمعیتی میگوی ببری سبز از تجزیه و تحلیل نتایج حاصل از RFLP ژن سیتوکروم اکسیداز I واقع بر روی ژنوم میتوکندری (mtDNA) که با تکنیک PCR تکثیر شده بود استفاده شد. برای هضم آنزیمی محصول PCR از 9 آنزیم با اثرات محدود استفاده شد که 5 آنزیم شاملAluI, HinfI, HincII, HpaII, RsaI الگوهای پلی مورفیسم نشان دادند. از 5 نوع هاپلوتیپ بدست آمده (AAAAA, BBBBB, BBBBC, BBBBD, BBCBC) فقط در یک مورد (AAAAA) تشابه بین دو منطقه مورد بررسی (دریای عمان و خلیج فارس) مشاهده گردید. بر اساس نتایج حاصله از این بررسیها مشاهده شد که پراکنش هاپلوتیپها در دو منطقه تفاوت معنی دار و بالایی داشته و نشان دهنده تفاوت ژنتیکی ذخایر این جمعیتها با هم می باشد. به عبارت دیگر ذخایر ذکر شده، جمعیت کاملا جدا از هم می باشند.

کلاد Neogastropoda یکی از راسته های زیررده Caenogastropoda از رده شکم پایان می باشد. خانواده هایی از این کلاد در آب های جنوبی ایران حضور دارند که در این بررسی برای اولین بار به مقایسه های فیلوژنی آن ها و نیز تخمین زمان اشتقاق آن ها پرداخته شد. به این منظور نمونه برداری در سال های 1392 و 1393 در سواحل صخره ای خلیج فارس صورت گرفت. DNA نمونه ها پس از شناسایی مورفولوژیک، استخراج شد، قطعه ژنی زیر واحد I سیتوکروم اکسیداز I (COI) و 16S rRNA تکثیر و سپس توالی یابی گردید. با استفاده از نرم افزارهای PAUP و BEAST آنالیزهای فیلوژنی انجام شد و درخت های فیلوژنی Maximum Parsimony و Bayesian رسم گردید. در مجموع تعداد 7 توالی COI و 3 توالی 16S متعلق به 4 گونه از این کلاد به دست آمد که این توالی ها برای اولین بار از منطقه شمالی خلیج فارس گزارش می شوند. نتایج نشان داد که اعضاء کلاد Neogastropoda حاضر در خلیج فارس، در اواسط دوران ائوسن اشتقاق یافته اند، به طوری که قدمت نیای مشترک کلاد Neogastropoda در این مطالعه در حدود 47 میلیون سال پیش تخمین زده شد. هم چنین بررسی ها کلاد Neogastropoda را یک کلاد مونوفیلتیک معرفی کرد.

در این پژوهش شناسایی مولکولی گونه های جنس Nerita، شامل N. lognii، N. albicilla و N. polita، در سواحل شمالی خلیج فارس به همراه بررسی مورفولوژیک آن ها انجام شد. این جنس متعلق به خانواده Neritidae بوده و از گونه های غالب شکم پایان سواحل صخره ای می باشد. نمونه برداری در سال های 92 و 93 در سواحل صخره ای صورت گرفت. نمونه ها مورد شناسایی مورفولوژیک قرار گرفتند و سپس مراحل استخراج DNA (با استفاده از پودر Chelex)، تکثیر قطعه ژنی زیر واحد I سیتوکروم اکسیداز (COI) و 16S rRNA و با روش سنجر توالی یابی انجام شد. در مجموع تعداد 6 توالی COI و 6 توالی 16S متعلق به 13 گونه از جنس Nerita به دست آمد که این توالی ها برای اولین بار از منطقه شمالی خلیج فارس گزارش شده است. آنالیزهای فیلوژنی با استفاده از نرم افزارهای MEGA 6 و BEAST و با رسم درخت های فیلوژنی Maximum Likelihood و Bayesian صورت گرفت. نتایج حاصل از شناسایی مولکولی گونه های N. longii و N. albicilla با شناسایی سنتی و مورفولوژیک مطابق بود، ولی درمورد گونه N. polita تفاوت هایی میان آن ها مشاهده شد که می تواند نشان دهنده اهمیت مطالعه هم زمان مولکولی و مورفولوژیک باشد. همچنین نتایج نشان داد که گونه های جنس Nerita مونوفیلتیک می باشند.